保護(hù)區(qū)是眾多珍稀、瀕危野生動(dòng)植物的“避難所”，主要有“巧家五針?biāo)伞薄扮钔钡葒?guó)家一級(jí)重點(diǎn)保護(hù)野生植物。

保護(hù)區(qū)是周邊金沙江兩岸地區(qū)植被保存較為完好、水平地帶性植被尚存、植被垂直帶譜基本完整的唯一一座山體。

保護(hù)區(qū)藥山山頂殘留的古夷平面和第四紀(jì)冰川遺跡面積大于1600公頃，分布有上百個(gè)冰蝕湖，為這一地區(qū)的希夏邦馬冰期活動(dòng)的遺留物。

保護(hù)區(qū)生態(tài)環(huán)境的保護(hù)對(duì)泥石流的控制和周邊居民的生存發(fā)展具有重要的安全保障作用；還是長(zhǎng)江防護(hù)林體系建設(shè)工程的重點(diǎn)區(qū)域，直接關(guān)系到白鶴灘、溪洛渡、向家壩、三峽等大型水利水電工程，以及長(zhǎng)江中下游地區(qū)的生態(tài)安全。

保護(hù)區(qū)是當(dāng)?shù)刂匾乃吹兀彩钱?dāng)?shù)厣鐣?huì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展的重要依托；藥山因盛產(chǎn)各種藥材而得名，包含有天麻、蟲(chóng)草、貝母、大草烏、重樓等為代表的野生藥用資源達(dá)856種，是不可多得的種質(zhì)資源庫(kù)。